El clima en la región que atraviesa el río es cálido subhúmedo con una temperatura media anual de 28°C (82ºF) y con lluvias en los meses de mayo a octubre. La precipitación anual es de 600 a 1000 mm. Las lluvias son de tipo torrencial y alcanzan su máxima punta en septiembre, cuando se recibe la influencia ciclónica que provoca el aumento de la precipitación pluvial. Las circunstancias climatológicas favorecen algunas veces a la cosecha de maíz, llegando a ser entre 1 y 1.5 toneladas . Si la cantidad de lluvia es mayor las siembras y los hogares son dañados severamente, como sucedió con el paso del ciclón Paulina. Fisiográficamente, comprende lomeríos y sierra; se halla en la región de la Sierra Madre del Sur ubicada en el dominio Neártico y Neotropical, lo que significa que la cuenca posee una gran riqueza en organismos y especies endémicas de flora y fauna .
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